Utilidad del nucleótido especial correspondiente a los experimentos del método de secuenciación de Sanger

El nucleótido responsable de la terminación  es el que lleva la marca. Esto asegura que todas las cadenas sintetizadas a partir de un templado, lleven incorporado una sola marca en el mismo lugar, al final de la cadena. De esta manera, se obtienen fragmentos que producen bandas uniformes y cuyas secuencias se pueden determinar más fácilmente. Una ventaja adicional de tener el nucleótido terminal marcado, es que se pueden usar nucleótidos terminales que lleven cuatro tipos distintos de marcaje (uno diferente para cada nucleótido). Esto implica que las cuatro reacciones de terminación específica se pueden llevar acabo en el mismo tubo, y ya no se tienen que hacer por separado. Además, debido a que se puede determinar cuál es el nucleótido terminal de los fragmentos de ADN con base en su señal, es posible resolver la secuencia de un templado con sólo un carril. Las bandas que se ven, emiten una señal distinta, dependiente del nucleótido terminal incorporado. El hecho de que las bandas puedan ser diferenciadas con un carril, elimina la variación que puede ocurrir entre carriles.